История МНИИП начинается с постановления Наркомпроса РСФСР от 30 марта 1920 г. «О преобразовании Психоневрологического музея в Московский психоневрологический институт». Основателем музея, а затем и института был заведующий кафедрой психиатрии медицинского факультета Московского университета Фёдор Егорович Рыбаков — ученик профессора С.С. Корсакова, автор известного руководства и других работ по проблемам аффективных психозов, алкоголизма, социальной психиатрии, имеющих большое значение в формировании научной специальности. В частности, он впервые указал на роль биологических ритмов в развитии и течении циклофрении. Современным аналогом этой концепции стала хронобиологическая модель аффективных расстройств. Вскоре после открытия института и скоропостижной смерти Ф.Е. Рыбакова учреждение возглавил А.Н. Бернштейн (1920-1922). В последующем директорами института были А.П. Нечаев (1922-1925), Л.М. Розенштейн (1925-1934), В.А. Внуков (1934-1937), П.Б. Посвянский (19381951), Д.Е. Мелехов (1951-1956), В.М. Банщиков (1956-1962), Д.Д. Федотов (1962-1969), А.А. Портнов (1969-1979), В.В. Ковалёв (1979-1993), В.Н. Краснов (1993-2018).
Научная деятельность института всегда отличалась широтой клинических поисков, охватывающих практически все разделы психиатрии, с преобладанием прикладных, практически ориентированных исследований, что отнюдь не исключало решения ряда фундаментальных проблем, в частности за счёт комплексности исследований и неизменного сохранения многомерного динамического психопатологического анализа, с учётом биологических и психосоциальных патопластических влияний.
В Институте психиатрии работали многие выдающиеся психиатры: С.Г. Жислин, Д.Е. Мелехов, И.Г. Равкин, М.Я. Серейский, Г.Е. Сухарева, А.С. Шмарьян. В школе профессора С.Г. Жислина начинали свою научную деятельность такие корифеи отечественной психиатрии, как Г.Я. Авруцкий, А.И. Белкин, О.П. Вертоградова, И.Я. Гурович, Н.Ф. Шахматов.
С 2014 г. институт стал филиалом ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр психиатрии и наркологии им. В.П. Сербского» Минздрава России. При этом институт не только сохранил все свои научно-исследовательские направления, но и продолжает искать пути их дальнейшего развития. В 2018 г. исполнение обязанностей директора МНИИП возложено на С.В. Шпорт, а с 2022 г. им руководит профессор А.Б. Шмуклер.
В институте созданы условия безопасного лечения пациентов с психическими расстройствами и расстройствами поведения. Главным образом это стало возможно благодаря высокому профессионализму кадрового состава, что позволяет трудовому коллективу качественно и на очень высоком уровне выполнять важнейшую государственную задачу – оказывать специализированную медицинскую помощь. Как отмечают, сотрудники МНИИП, «преемственность профессиональных традиций, ответственность перед обществом и сострадание к пациентам – главные составляющие нашей работы».
Поздравление директора МНИИП профессора А.Б. Шмуклера